十五期间，科技部联合农业部、教育部、国家粮食局、国家林业局、中华全国供销总社和国家质检总局等有关部门联合启动了“农产品深加工技术与设备研究开发”重大科技专项。该专项是新中国成立以来，在农产品加工研究领域投入力度最大，研究面最广、最深；涉及学科最宽，参与科技人员最多，技术集成度和产业化程度最高，带动和示范效应最明显的一项系统工程。

    通过十五攻关，全面缩小了我国农产品加工技术与国际先进水平的差距，部分领域接近国际先进水平，个别领域已达到国际领先水平。这是我国农产品加工业在科技领域的一次跨越式发展和战略性转变。从1999年到2004年，我国食品工业总产值从7828亿元增加到1.6万亿元，翻了一番多；食品工业总产值与农业总产值之比从0.32/1增加到0.5/1。2004年，农产品加工业总产值达到3.6万亿元，与农业总产值之比达到1.2/1；农产品加工业的增加值突破1.1万亿元，约占国民经济GDP的8%。我国以食品加工为主体的农产品加工产业体系初步形成，农产品加工业已成为国民经济的支柱产业。

    经过近五年的实施，专项在一系列过去严重制约我国农产品加工发展的重大共性关键技术研究、设备研制与开发、标准体系与全程质量控制体系建立、加工专用品种筛选和原料生产基地建设以及技术创新体系与发展战略研究等方面获得重大突破，并进行了产业化开发应用，已取得显著的经济和社会效益。

    专项通过招投标方式，以农产品加工龙头企业为主体、高等院校和科研院所共同承担科技攻关。直接参加单位共计82家，其中企业（上市公司12家）35家，大专院校22所，研究院、所25个。直接参加的研究人员1621人，专项资金到位总额为12.2亿元，其中企业自筹资金9.45亿元，企业已成为科技投资的主体。

    截止2005年年底，专项共获得新产品295项，新技术、新工艺、新设备216项；鉴定成果138项；科技奖励53项，其中国家级奖励2项，省部级奖励33项；授权国家发明专利29项，授权实用新型专利28项，已颁布实施标准138项，；商品化成果208项；建立生产示范线125条；筛选出适合加工的专用品种60个，建立专用加工品种原料生产基地928.7万亩；新增产值291.5亿元，新增利税30.2亿元，出口创汇5.02亿美元，已获综合经济效益185.2亿元，促进农民增收54.3亿元，为“十一五”的农产品加工产业的跨越式发展奠定了坚实的基础。